元日战争结束后，虽然日本齐心协力加上台风击退了元朝的两次进攻，但是日本自身也到了崩溃的边缘，首先，在战争时期，抵抗外国(元)的侵略还能上下一心，一旦外部威胁解除，那么剩下的就是内部问题了，首先要解决的是赏赐问题，由于是抵抗侵略，日本领土并没有扩大，反而因为战争消耗了巨大的财富，也就没有赏赐。这就更加激化了内部矛盾。

　　这就激起了御家人和武士的不满，原本通过向幕府奉公，然后获得幕府的赏赐，这是维持幕府统治的法则，但是这个法则因为没有东西赏赐破坏了，那么御家人和非御家人都非常的不满，转而根据自己的实力争夺领地和农民，这样原来类似分封制的日本国转而向封建领主制过渡。

　　为了缓和这一矛盾，北条氏实行一族独裁，出台了一系列的“德政”，不但没有缓和矛盾，反而加深御家人和非御家人武士的反感，这更加凸显除了北条氏施政能力的衰弱，地方武士和农民积极进行反幕活动，幕府由盛转衰。后醍醐天皇这个时候看到了机会，于是乘机发动正中之变与元弘之变，虽然后醍醐天皇也遭受了很多挫折，但是倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，镰仓幕府灭亡。

　　随后，后醍醐天皇回到京都执掌政权，并且设置了行政机构，有天皇亲政商议国事的“记录所”，还有卫戍京都的“武者所”，地方上还沿用原来的行政机构“国司”和“守护”。本来这应该算是加强天皇的权力的方式，但是后醍醐天皇却犯了 一个跟北条氏一样的错误，那就是赏赐不公，在京都武士的徒弟没收，赏给了皇族和贵族，这可得罪了武士，而且可能因为后醍醐天皇终于掌握了权力，加以重税，还开始建皇宫，这就引起了武士和人民以及封建领主对于天皇的不满，甚至比对北条更加不满意。

　　不满的情绪在酝酿，这就给了很多有野心的领主机会，比如在达到镰仓幕府时候的足利尊氏，足利尊氏在反抗镰仓幕府的时候就想取代北条氏统治天下，但无奈实力不够，但是足利尊氏并没有放弃，说到这里，说句题外话，大家一听到足利尊氏感觉是不是很熟悉，这是因为小时候看过的《聪明的一休》就处于这个足利家族统治时代。

　　这次后醍醐天皇的失误，给了足利尊氏机会，而这个时候北条氏的残党组织军队进攻进攻镰仓，扼守在镰仓的足利尊氏的弟弟足利直义没能挺住，败退了，没多久足利尊氏亲自出马，收复了镰仓，但是却盘踞在这里不走了，并且举起了对京都朝廷的反抗大旗，并且还占领了京都，但是好日子还没开始，又呗保皇派的新田义贞和楠木正成给赶出了京都。

　　不过成大事的人一般不会这么容易放弃，足利尊氏兄弟逃到九州后，得到大友和岛津等人的帮助，卷土重来，重新进攻京都，这次进攻，保皇派的力量就没有 那么强大了，因为后醍醐天皇的暴政，导致了支持者骤减，这次足利尊氏兄弟打败了新田义贞和楠木正成的军队，还击毙了楠木正成，占领了京都。

　　后醍醐天皇把持着日本皇室的三神器逃到吉野山中(三神器包括八咫镜、天丛云剑、八尺琼勾玉，有兴趣可以自己查下资料)，正因为带了三神器，所以后醍醐天皇坚称自己是正统，虽然战败丢了京都，但是后醍醐天皇并没有完全失势，在贵族和保皇派的支持下继续战斗。

　　足利尊氏则在京都建立了室町幕府，于是出现了京都(北朝)和吉野(南朝)两个对立的朝廷。南北朝的征战持续了将近60年，随着保皇派将领新田义贞等的战殁，天皇的势力大减，并且通过实力获得了征夷大将军的官位，1392年，足利义满逼南朝的后龟山天皇让位，由室町幕府拥立的北朝后小松天皇成为天皇，也终止了长达57年的南北朝时期。这里还有个小插曲，那就是1401年，室町幕府第三任将军足利义满为了经济利益和抗衡天皇而向明朝朝贡，明廷遂封其为“日本国王”，但幕府于7年后与明断交。

　　不过足利家的室町幕府也没有统治日本多少年，在室町幕府统治末期发生了应仁之乱，日本从此进入了战国时期。