日本古代一共出现了三个幕府政权：镰仓幕府、室町幕府、江户幕府，其中室町幕府的后期也是日本战国时代。但奇怪的是，室町(足利)幕府在史书上却有两个灭亡时间(1573年和1588年)。这又是怎么回事呢?

　　室町幕府在鼎盛时期的影响力也就大半个日本，应仁之乱后更是号令不出近畿。等到三好氏在近畿崛起之后，室町幕府只能控制京都周边地区，这最终导致第十四代将军足利义辉被三好家臣松永久秀所杀。

　　足利义辉标志着室町幕府彻底失去了实权，但幕府的统治结构尚在。永禄十一年(1568年)，织田信长拥立足利义辉的弟弟足利义昭上洛成功。足利义昭当上了室町幕府第十五代将军，也是最后的将军。

　　1570年将军足利义昭，不满织田信长无视幕府的态度，暗中与本愿寺显如、武田信玄、上杉谦信、毛利元就、浅井长政、三好三人众与朝仓义景等诸大名联盟，形成所谓的“信长包围网”，打算联合对抗并消灭织田信长。1571年，织田信长以比睿山延历寺包庇与其敌对之浅井、朝仓两大名，杀入山中将比睿山延历寺焚毁，此举引来武田信玄等人之批评，是信长生前引来较大争议的事件之一。

　　1572年，武田信玄发动军队攻打德川家康的根据地远江国、三河国，以图进京，并在三方原击败德川、织田联军(三方原之战)。隔年5月，武田信玄于信浓国驹场病故，死前决定继承人是其孙武田信胜，并由信胜之父武田胜赖担任阵代一职。1573年，织田信长与幕府将军足利义昭正式决裂，信长强攻幕府所在地二条御所，并逮捕义昭，将其流放至河内国若江城，室町幕府宣告灭亡。日本战国时代前一百年的室町时代在此划下句点，日本进入安土桃山时代。

　　然而织田信长虽然流放了足利义昭，但并没有取消他的征夷大将军头衔，因此被流放的足利义昭在名义上依然还是日本的征夷大将军。室町幕府虽作为政权已经完全灭亡，但名义上的幕府依然存在了十几年。

　　足利义昭不愿就此善罢甘休，他要重新上洛。于是义昭马上联络毛利氏请求援助。但是毛利氏并没有要与信长为敌的意向，他们只是派遣了安国寺惠琼，去充当信长与义昭之间的和平交涉调解者。11月9日，在信长的使者木下秀吉与惠琼进行和平交涉期间，义昭由若江城移往和泉的堺。后来信长倒是对义昭回归京都之事作出了承诺，义昭却得寸进尺向信长提出归还人质的要求，结果交涉破裂。之后义昭向惠琼表达了想去毛利氏领国的希望，但被惠琼拒绝。原因很简单，如果接受了义昭的投靠，毛利氏必将引来杀身之祸。于是义昭从堺乘船，先前往汤川氏的纪伊国，暂住在由良城的兴国寺内。

　　当“本能寺之变”发生，织田信长死亡后，足利义昭趁此好机欲返回京都，寻求毛利辉元的支持;另一方面寻求羽柴秀吉和柴田胜家的支持。毛利氏中亲秀吉派的小早川隆景等极力反对送义昭到京都，认为这样会使羽柴氏和毛利氏之间关系冷淡。但1583年(天正11年)毛利辉元、柴田胜家、德川家康着手筹备支持义昭上洛。同年毛利辉元臣服于羽柴秀吉。1586年羽柴秀吉成为关白太政大臣。此后进入了“关白秀吉、将军义昭”并立的2年时期。在此两年里，丰臣秀吉逐渐统一天下。

　　1588年2月9日(天正16年1月13日)与关白丰臣秀吉一起参见了正亲町天皇，辞去了征夷大将军之职并出家，法号昌山。朝廷给予其准三后的待遇。